1、執行董事會 (Executive Board)
為本中心最高權力機構，由會員國政府各指定代表一人擔任董事，董事長及副董事長由董事互選產生，但過去均推選中華民國代表為董事長，日本或韓國代表擔任副董事長。董事會每年召開一至兩次會議，主要任務係審查下年度預算及工作計畫、本年度計畫之進度、上年度之年報及財務稽核報告、及決定本中心之重要政策。

2、工作小組 (Working Group)
執行董事會下設工作小組，由中華民國指派代表二人，其他會員國各指派代表一人組成，召集人依慣例推選中華民國代表擔任。工作小組之任務係在董事會之前先行審理本中心之各種提案及報告，通常會議在董事會開會前五週舉行，以便董事會在接到工作小組報告後，有充份時間與各會員國有關之政府機關洽商。

3、技術評議委員會 (Technical Advisory Committee)
技術評議委員會為本中心技術諮詢機構，由本中心主任提名會員國農業專家或行政主管為委員，經董事會核備後聘請。每兩年召開會議一次，其主要任務為評估本中心工作績效、研討未來工作方向及提供業務改進之建議。目前評議委員計有九位，召開評議會時除評議委員出席外，必要時亦邀請地區內農業試驗研究機構之首長或代表參加，俾能加強合作關係。

4、行政及業務管理
本中心設主任及副主任各一人，其下設技術處及行政處。主任秉承董事會之決策綜理本中心業務，副主任襄助主任推動技術性業務。依慣例主任及副主任分別由中華民國及日本政府提名，經執行董事會同意後聘任。主任之任期為三年，最多得再展延一期(三年)。副主任聘期一年，但可每年展延。

4.1 技術處
技術處由農業專家組成，處長由副主任兼任，專家由主任物色聘雇，但亦須事先向各董事報備。由於主任及副主任分別由中華民國及日本專家擔任，其餘專家盡可能在其他會員國中物色，必要時亦可在亞太地區非會員國中覓尋。技術專家一年一聘，延期次數並無限制。技術處負責籌辦每年度業務計畫，包括舉辦調查、研討會、講習會、訓練班及田間示範等，蒐集資訊編印書刊、技術與推廣專刊。技術處目前除副主任（作物專家）外，尚有來自韓國（農業經濟）、菲律賓（資訊推廣）專家各一人，及國內專家(臨時計畫顧問、協調人)五人，共計八人。

4.2 行政處
行政處人員均為地主國國民，行政處處長之聘任手續比照技術處處長辦理，其他人員則不必向董事會報備。行政處負責各項行政工作如文書、事務、會計及出納，並協助各項業務計畫之推動。目前行政處有七人，包括行政官一人，約聘雇行政人員共計六人，包括行政助理兼總務一人、會計一人、出納兼辦事員一人、技術處英文祕書一人及司機二人。